为了确认蓝魔鬼的行踪，X教授派出暴风女和琴葛蕾博士，前往波士顿进一步调查。但所有人都没料到，史崔克将军的特种部队抓住机会乘虚而入，发动奇袭重创了X学院，不但放走了万磁王，还逮捕了X学院中的学生并控制住了X教授。
在冲突中，金刚狼与史崔克将军的交锋，令金刚狼察觉到史崔克将军与自己过去的记忆有着千丝万缕的关系。但是记忆碎片的冲击却使金刚狼陷入记忆深处的混乱而失去了战斗力，直到小淘气、冰人、和火人赶来相救，才使他得以逃离险境。
但是，自以为躲过一劫的X战警们却还没有意识到，史崔克将军的真正目标并不是学院中的学生，而是X教授所使用的，可以找到世界上每一个变种人的X主脑！
史崔克将军的儿子杰森也是一名变种人，并曾在X学院中学习，代号“变种人143”，特有的意识操纵能力与X教授颇有渊源。但是，史崔克将军的邪恶野心却妄图利用自己儿子的超能力操纵X教授，控制X主脑来向世界各地的变种人发动脑波攻击。
与此同时，金刚狼等人与琴葛蕾博士和暴风女在波士顿汇合，并且成功招募了蓝魔鬼，使X战警的队伍中又多了一名强有力的成员。
重获新生的X战警们来到冰人的家中，准备稍作休整。但是，冰人的家人却可耻地背叛了自己的孩子，向政府报警而因此引来了军方的围堵，甚至连X战警乘坐的X战机也被军机击落！
就在千钧一发之际，感受到史崔克威胁的万磁王在紧要关头出现，令人意外地出手救下X战警，并且建议X战警与自己展开合作，共同对抗变种人共同的敌人--史崔克。
战斗的过程中琴葛蕾为了拯救同伴被洪水淹没在了湖底，但是X战警们也挫败了史崔克将军的阴谋。
之后就是2006年美国政府通过复制一个具有可以抑制变种人基因的男孩的细胞研制出了可以使变种人失去能力的药物，这引起了变种人群体的巨大争议与恐慌。
万磁王借此机会四处宣扬美国政府将以此发动灭绝变种人的战争而召集各地的变种人加入其变种人兄弟会。
另一方面，X战警发现了此前牺牲自救拯救众人的琴格雷，X教授感受到了其体内黑暗人格“黑凤凰”的异动。
之后琴的力量暴走，X教授带领X战警与万磁王同时找到了琴。X教授决定凭借自己的力量将琴从黑暗人格中拯救出来，却受到了琴黑暗人格的抵抗而灰飞烟灭，而琴则与万磁王一起离开。
绝望中的暴风女决定领导逆境中的X战警并继续维系变种人学院。金刚狼为了拯救琴深入变种人兄弟会，期间发现了万磁王意图，以可以使变种人失去力量的男孩为目标，依靠变种人兄弟会与琴的力量向人类发动战争。
为了拯救黑暗中的琴，也为了化解人类与变种人的这场互相灭绝的战争，金刚狼召集了X战警，决定与万磁王和变种人兄弟会展开一场殊死搏斗。
最后金刚狼万般无奈之下杀掉了琴。
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