江南大疫，始于江北之人携病而来。
洪承畴对于如何投放瘟疫，方法那是多管齐下，一是将瘟疫、天花等病人的衣物低价贩入江南；二是把患有瘟疫的病人驱赶进入江南，病人唯恐南京兵捉拿，不敢声张其患病，他们为了活命，竭尽所能混入江南各地居住下来；三是直接在上游释放尸体，顺流而下，让尸体上携带的病菌大量进入江南地区。
湿热、人口稠密、城市发展极快的江南地区，显然是爆发瘟疫的绝佳地点。当南京军政府当局收到第一例正式上报的瘟疫情况说明时，疫病早已在江南大地传播开来，且有愈演愈烈之势。
染疫病人，先发烧，次咳嗽，继以吐血，不敷日即身死，死后皮肤呈紫红色。
太医院的人对此束手无策，无奈之下，赵尚义只能重金聘请民间医生来想办法遏制瘟疫蔓延。同时一边广派内务部探子侦缉四方，拘捕可能与瘟疫有关的敌对分子和借瘟疫准备搞事的人，一边动员宣传、粮食等赈灾力量，全力维持江南稳定。
这是一场上至官方，下至民间通力协作的战争，人类与疫病之间的鏖战。
民间素有“三月青蒿能治病，五月六月当柴烧”的流传，通过这些古老的谚语，人们争相开启各种抗疫措施。还有用人痘接种术来应对天花，只是这种方法效果并不稳定，极易导致接种者的死亡，甚至还有可能促使天花的爆发。
官方层面，首先是在城市和大村镇上恢复“病迁坊”制度，隔绝疫病患者。在边境设立检疫站，“凡有入境者，必先遣人查看有无出痘疮者，若有则就地隔离，须待痘疮平愈，方得入境。”
同时规定“弃灰于道着”要被处以罚款；在各地设立“惠民药局”；政府出面妥善安葬亡者，救济抚养遗孤。
凡是与抗疫有关的事，事无巨细，赵尚义和南京幕僚团队必时刻关注。只是这疫病的来源尚且不明，也没有针对性的治疗鼠疫、天花的方法，终究会是隐患。
但更让赵尚义感到无奈和愤怒的，是那些名义上聚集在太子殿下身边的臣子们。他们不仅在大疫期间发国难财，还要借此机会攻讦迪元帅，言说这是上天对西夷乱政的惩罚，唯有迪米特里谢罪于天下，大政奉还。才能平息天怒，消除瘟疫灾祸。
“这帮祸国殃民的败类玩意......”
赵尚义已经两天一夜没有合眼，撑着有些发晕的脑袋，对手下随从下令道：
“两件事，第一，吩咐梁吕龙加强对百官的监察，尤其是有一定的军权的原南京绿营的将官，此辈未受彻底整训，不得不让人怀疑......第二，请拿破仑·波拿巴将军关注南京局势变化，我们要做最坏的打算，如果......南京城战端一启，请拿破仑将军务必以雷霆手段，尽快平息叛乱。”
说完这些，赵尚义就连忙打发下属出去，自己一个人撑在桌上眯了过去。
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